Andrej Sekera začínal s hokejom v Prievidzi. Zámorských pozorovateľov presvedčil o svojich vysokých kvalitách najmä počas MS juniorov na prelome rokov 2005 a 2006, ktoré sa konali vo Vancouveri, kde bol kapitánom Slovenska. V rovnakej sezóne získal v OHL cenu Maxa Kaminského, pre najlepšieho obrancu ligy.
////
Debut v NHL si odbyl v sezóne 2006/2007 v zápase s Montrealom 9. decembra. V prebiehajúcom ročníku hral dlho na farme, no potom ho tréner Lindy Ruff povolal do prvého tímu a jeho dôveru nesklamal. Práve naopak. Sekera sa stal najvyťažovanejším hráčom Sabres, hrával v presilovkách, v oslabeniach.
Jeho výborné výkony neunikli pozornosti ani reprezentačnému trénerovi Júliusovi Šuplerovi, ktorý ho povolal do prípravy na MS v Kanade.